La transplantation de microbiote fécal en pratique

Fecal Microbiota Transplantation in Practice

Service de Médecine Interne, Oniris VetAgroBio Nantes, 119 route de Gachet, 44300 Nantes France

Résumé

La transplantation de microbiote fécal (TMF) est une méthode de modulation du microbiote intestinal qui suscite un intérêt croissant en médecine vétérinaire, notamment dans le traitement des entéropathies chroniques. Sa mise en œuvre repose sur une sélection rigoureuse des donneurs, qui doivent être cliniquement sains, non obèses, sans antécédents digestifs récents ni maladies chroniques associées à une dysbiose, et exempts de traitements récents susceptibles de perturber le microbiote. La préparation du transplant à partir de selles fraîches est recommandée en pratique clinique pour éviter les contraintes logistiques liées à la congélation. Le mélange est homogénéisé, filtré, puis administré soit par voie rectale — particulièrement indiquée en cas d’atteinte colique — soit par voie endoscopique haute et basse, lorsque cette modalité est disponible. Une à trois administrations peuvent être envisagées, généralement espacées de quinze jours. La TMF doit s’inscrire dans une approche individualisée et raisonnée, prenant en compte l’origine des troubles digestifs et les besoins spécifiques du patient. Des formats oraux tels que les gélules gastro-résistantes pourraient, à terme, faciliter l’administration en consultation, mais nécessitent une infrastructure de congélation adaptée.

Abstract

Fecal microbiota transplantation (FMT) is an emerging method for modulating the intestinal microbiota that is gaining increasing interest in veterinary medicine, particularly for the management of chronic enteropathies. Its implementation relies on the careful selection of donors, who must be clinically healthy, non-obese, free of recent digestive signs or chronic diseases associated with dysbiosis, and not exposed to recent treatments likely to alter the microbiota. In clinical practice, the use of fresh fecal material is recommended to avoid the logistical constraints of freezing. The transplant is homogenized, filtered, and administered either via the rectal route — especially indicated in cases of colonic involvement — or through a combined upper and lower endoscopic approach when available. One to three administrations may be considered, typically spaced fifteen days apart. FMT should be part of an individualized and rational therapeutic strategy that accounts for the underlying digestive disorder and the specific needs of the patient. Oral formats such as gastro-resistant capsules may, in the future, simplify administration during outpatient consultations, but require access to appropriate freezing infrastructure.